Max Delbrück Center Berlin: DVP optimiert Bildanalyseprozess
Deep Visual Proteomics (DVP) integriert Bildanalyse, Laser-Mikrodissektion - ein feines mikroskopisches Verfahren, mit dem sich bestimmte Zellen, Zellverbände oder subzelluläre Bereiche aus Gewebeproben isolieren lassen - und die Proteom-Analyse. Damit lassen sich Proteine räumlich aufgelöst in Geweben analysieren und Krankheitsprozesse besser verstehen.
OpenDVP ist ein neues, frei verfügbares Werkzeug, das Wissenschaftler:innen hilft, die Verteilung und Funktion von Proteinen in Geweben sehr genau zu untersuchen. Es wurde von Dr. Fabian Coscia am Max Delbrück Center in Berlin-Buch mitentwickelt. Das Verfahren verbindet moderne Mikroskopie, Künstliche Intelligenz zur Bildauswertung und eine spezielle Messmethode (Massenspektrometrie), um Tausende von Proteinen in einzelnen Zellen oder Zellgruppen sichtbar und messbar zu machen.
Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung (mIF) einer Gewebeprobe aus dem Kopf- und Halsbereich: Links ist die ursprüngliche mikroskopische Aufnahme zu sehen, die nach rechts hin in eine Zellsegmentierung übergeht.
Foto: Sonja Fritzsche, AG Coscia, Max Delbrück Center
Bei dem Verfahren werden Gewebeproben zunächst mikroskopisch aufgenommen und digitalisiert. Dann werden Zellen und Zelltypen mit Hilfe spezieller Software erkannt und markiert und ausgeschnitten. Diese Proben werden dann mit massenspektrometrisch analysiert, um das Proteom (alle Proteine) zu bestimmen. Die Daten werden dann am Computer ausgewertet und können mit anderen biologischen Daten verknüpft werden.
So können Karten von Tausenden von Proteinen im Inneren von Zellen innerhalb eines Gewebes erstellt werden. Die Methode ist nicht auf bestimmte Erkrankungen beschränkt, sondern lässt sich bei biologischen Proben jeglicher Art anwenden.
Originalpublikation:
Jose Nimo, Sonja Fritzsche, Daniela S. Valdes, et al. (2026). OpenDVP: an experimental and computational framework for community-empowered deep visual proteomics. Nature Methods, 2026-10-22. https://doi.org/10.1038/s41592-026-03262-z
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